El Consejo Directivo Nacional (CDN) es la máxima instancia del SNI y tiene entre sus responsabilidades:
La Secretaría Técnica del SNI esta conformada por el Secretario Técnico y los Coordinadores Administrativos y Financieros. La Secretaria Técnica del SNI, tiene entre sus funciones:
Los Comités de Evaluación están conformados por investigadores, panameños o extranjeros, de reconocida trayectoria. En el caso de los evaluadores extranjeros, deberán ser investigadores de países con esquemas similares al SNI (en los que sean miembros), con un perfil lo más cercano posible al de Investigadores Distinguidos o Eméritos del SNI. La función principal de los Comités de Evaluación es realizar la evaluación por pares de la trascendencia e impacto del trabajo de investigación científica y tecnológica, el desempeño académico, la docencia y la formación de recursos humanos presentados en las solicitudes de ingreso y reingreso de los candidatos que participen en las convocatorias del SNI.
- Evaluar la labor científica o tecnológica de los candidatos que participen en las convocatorias de ingreso y reingreso al SNI.
- Proponer al CDN: el ingreso, reingreso, ascenso o descenso, la categoría y subcategoría (cuando aplique), o bien, la salida del SNI, de las personas naturales o jurídicas bajo evaluación.
- Resolver los recursos de reconsideración, como primera instancia, cuando así lo soliciten los candidatos que se consideren afectados por las evaluaciones.
Los miembros científicos del SNI lo conforman los investigadores, grupos o centros que en base a su labor científica o tecnológica comprobable, han de ser reconocidos por el Sistema. Los miembros científicos del SNI tendrán la responsabilidad de cumplir con las obligaciones establecidas en el Reglamento del SNI, en el contrato de estímulo económico y en el Código de Ética. Por lo tanto, los miembros del SNI serán objeto de sanciones sin perjuicio de las responsabilidades civiles, penales y de cualquier otro orden que puedan concurrir.