El objetivo del SNI es incentivar y promover la investigación científica y tecnológica y su calidad en el país, contribuyendo con ello al bienestar social, a la resolución de los problemas nacionales y a incrementar la competitividad y visibilidad internacional del país en materia de ciencia y tecnología.
El SNI tiene los siguientes objetivos específicos:
Incrementar el número y la calidad de investigadores dedicados a la investigación y al desarrollo científico y tecnológico de Panamá.
Incentivar a los investigadores de mérito comprobado a que permanezcan activos en sus labores de investigación y desarrollo científico y tecnológico y reconocer la excelencia de sus labores en el país.
Estimular la creación de grupos de investigación para contar con masa crítica de investigadores en las áreas de importancia especial para el país.
Aumentar el número de centros de investigación públicos y privados.
Promover la mejora continua de productividad y calidad de todos los centros de investigación.
Establecer criterios confiables, válidos y transparentes que garanticen la efectividad del proceso de evaluación de investigadores, grupos o centros de investigación y de las distintas labores o productos propios de las actividades de investigación y desarrollo científico y tecnológico.
Promover la participación de investigadores de mérito comprobado en las actividades productivas nacionales, en el ámbito socioeconómico y político del país, en la divulgación de conocimiento u opiniones científicas sustentadas, en la formulación de políticas públicas nacionales y en cualquier otra labor de beneficio para el desarrollo nacional.
Fomentar la desconcentración geográfica y descentralización de las actividades científicas y tecnológicas.
Fomentar la colaboración entre los investigadores del SNI, dentro de sus instituciones y entre instituciones, así como la cooperación en redes nacionales, internacionales y con grupos de investigación emergentes en el país.